種子處理有三種方式：曬種、拌種和種子包衣。

（1）曬種

在貯藏條件差或種子含水量較高的情況下，為了提高種子發芽率和發芽勢，播種前應曬2～3天。晾曬時應薄鋪勤翻，防止中午強烈日光曝曬造成種皮破裂。晾曬后，將種子攤開散熱降溫，再裝入袋子備用。

（2）拌種

根瘤菌拌種：在新開墾地、重迎茬地或多年未種過大豆的地塊，有必要進行根瘤菌接種。每公頃大豆種子用根瘤菌劑7.5千克，具體方法：用適量清水將固體粉劑、液體劑稀釋，將種子與菌劑拌勻，或先將種子浸濕，然后將固體粉劑均勻地粘在種子上，使每一粒種子表面都粘上菌劑，拌后放在陰涼地方，防止陽光直射殺傷根瘤菌，接種根瘤菌后，稍陰干便可播種。

微肥拌種：根據土壤微量元素缺乏情況，可選用鉬酸銨、硼砂等進行拌種。鉬酸銨拌種：用量每千克大豆種子拌鉬酸銨2～4克，將2～4克鉬酸銨先用少量熱水溶解，然后加水稀釋至20毫升左右，噴灑在豆種上混拌均勻，陰干后播種。硼砂拌種：用量每千克大豆種子拌硼砂1～3克，將1～3克硼砂溶于20毫升水中，噴灑在豆種上混拌均勻，陰干后播種。

（3）種子包衣

選用已登記的大豆專用種衣劑（如26%多克福種衣劑1∶60或15%福克種衣劑1∶60）進行種子包衣處理。

微肥拌種和種子包衣同時應用時，應先微肥拌種，陰干后再進行種子包衣。根瘤菌應避免與酸性農藥同時應用。